L'histoire du domaine du château de Fleys commence avec l'arrivée à la fin du XIX ème siècle de Julien Philippon à Fleys.

Originaire de Vezelay (Morvan) où il exerce le métier de bûcheron, il s'installe dans le chablisien et il achète bois, terres et vignes qui constituent encore aujourd'hui la quasi totalité du domaine.

Depuis le domaine s'est transmis de père en fils.

En 1988, André Philippon achète le château de Fleys (siège de l'exploitation) avec son clos de 1 hectare. Ce bâtiment est un pavillon de chasse datant de la fin du XVII ème siècle, ayant appartenu au Seigneur de Parthenay, écuyer de Louis XIV.

En 2006, Béatrice et Benoît, les enfants d'André Philippon font construire un nouveau chai, au 2 rue des Fourneaux, plus adapté et plus moderne.

Aujourd'hui, ce sont les arrière-petits enfants de Julien qui exploitent le domaine (Béatrice, Benoît et Olivier, arrivés en 2007), en respectant la tradition familiale mais sachant moderniser aussi pour aller vers une meilleure qualité des vins.