La vinification rassemble l'ensemble des procédés d'élaboration du vin, mécaniques, microbiologiques et biochimiques. Si la qualité du vin dépend du terroir, elle dépend aussi de la qualité de la vendange, du respect de règles d'hygiène et des techniques employées pour la vinification.

Dès son arrivée au chai, la vendange est apportée au pressoir. Le jus obtenu est ensuite réparti dans des fûts de chêne ou des cuves inox. Puis la fermentation alcoolique commence. Elle se déroule sur deux à trois semaines à basse température (entre 15°C et 18°C). Au cours de cette étape, les levures transforment le sucre du raisin en alcool.

Une fois cette fermentation terminée, une autre, la fermentation malolactique, se déclenche : des bactéries lactiques transforment alors l’acide malique présent naturellement dans le vin en acide lactique. Cette étape a pour conséquence de diminuer l’acidité du vin et de le stabiliser. La plupart des vins de Chablis réalise cette seconde fermentation.

Puis l’élevage des vins commence, soit en cuve, soit en fût selon le type de vin souhaité. Cette période varie selon les vinificateurs et le profil de vin recherché. Pour l’appellation Chablis Grand Cru, l‘élevage doit se dérouler au minimum jusqu’au 15 mars de l’année qui suit la vendange.
Puis différents assemblages peuvent être réalisés afin d’obtenir des vins présentant le meilleur équilibre selon le style et l’aptitude au vieillissement recherchés.

Particularité à Chablis : les fûts sont utilisés avec parcimonie et plutôt sur les appellations Chablis Premier Cru ou Chablis Grand Cru, mais pas toujours. La part de fûts neufs est très souvent réduite, afin de préserver l‘expression du terroir. Cette tendance a des origines anciennes : traditionnellement, les vins de Chablis étaient livrés par bateau en fût à Paris, puis ces fûts revenaient vides à Chablis pour être à nouveau remplis : il n’y a pas de tradition de bois neuf à Chablis. En revanche à Meursault, les barriques qui partaient pleines de vin restaient sur place, donc les vignerons utilisaient toujours du bois neuf, et aujourd’hui on continue à utiliser du bois neuf à Meursault.